February 06, 2024

El conocimiento se comparte

De vez en cuando, mi conciencia se llena con la inquietud de compartir apuntes que he tomado en cursos de macrohongos y en otras áreas de la biodiversidad y taxonomía. Especialmente cuando puedo verificar que ningún otro compañero/compañera de mis cursos publica material similar en esta plataforma, y posiblemente tampoco en otras plataformas.

Es entonces cuando me pregunto lo siguiente: esos "tips" útiles, ese conocimiento que no siempre está en libros, pero que recibimos los estudiantes universitarios de vez en cuando y que procede de expertos en esas áreas, cuando esos estudiantes pierdan sus apuntes o ya no estén presentes, ¿se va a perder por completo ese material porque no fue compartido?

Podría suponerse que esos expertos van a compartir esos "tips" en sus artículos o publicaciones científicas, pero este no suele ser el caso (al menos en Costa Rica no suele ser el caso), o si lo hacen, quizás utilizan un lenguaje mucho más complejo y técnico, y según he visto, suelen compartir poco o nada de su conocimiento en plataformas como esta. Posiblemente porque incluso los académicos y científicos deben invertir su tiempo en actividades que son lucrativas para sus carreras profesionales (escribiendo artículos, dirigiendo tesis, dando cursos), de manera que compartir conocimiento en estas plataformas (o incluso brindar algunas identificaciones) quizás no les resulta lucrativo. Con suerte, la Universidad les podría dar un tiempo pagado para esto, como parte de la "Acción Social", la cual se me antoja explicar como una forma de "beneficencia" de la universidad para con el público general, con el objetivo de que la sociedad general no perciba la actividad de los académicos como algo de otro mundo (por no decir, como algo clasista). Incluso se podría pensar que a algunos les conviene mantener ciertos conocimientos como algo esotérico, como si fuera un secreto industrial, por decirlo de alguna manera, lo cual es comprensible cuando el autor no ha publicado tal información bajo su nombre (ya que es esto lo que le hace avanzar en su carrera académica). El problema es que suele pasar que tal autor nunca se propone publicar tal información, de manera que nunca deja de ser un secreto industrial, y en el peor de los casos, ese conocimiento se termina perdiendo junto con ese autor.

En todo caso, mi inquietud se resuelve parcialmente al compartir en esta plataforma no solamente algunas fotografías, sino también algunos apuntes de esos cursos que tuve la oportunidad (y posiblemente, el privilegio) de poder cursar como estudiante de la carrera de Biología. Además de esa información recibida, muchas veces yo mismo genero cierta información mediante mi propio esfuerzo de investigación. Es difícil publicar algo sin el apoyo de una universidad o de los expertos nacionales en esa área (especialmente cuando son muy pocos en número, y muy reservados para sí mismos), y es difícil invertir mucho tiempo estudiando algo cuando los gastos corren por cuenta propia; en esta situación, uno comparte lo que ha investigado "de gratis" y sin una publicación formal; lo cual es muy distinto a la situación asalariada y con publicación formal de un académico. Y ese conflicto cognitivo no deja de ser algo inquietante.

La solución sería quizás ser uno mismo un académico asalariado, pero esas puertas están cerradas casi siempre hasta para los más talentosos y queridos por los "gatekeepers" académicos, y si no se cuenta con ese favor, podría considerar que esas puertas están selladas con concreto. O podría ser que a uno le gusta investigar, pero no está dispuesto a encasillar su vida dentro del marco de ser un académico formal o de tiempo completo. Quizás uno necesita la libertad de poder ser más práctico, o de investigar de manera más autónoma (no solamente lo que dicta el académico superior a uno) o de tener un criterio propio y distinto. En fin... creo que el balance está en que, si uno quiere investigar sin ser un académico formal, hay que hacerlo a un ritmo lento y en menor cantidad (en comparación a un académico asalariado), y está bien compartir/regalar de vez en cuando parte de lo que uno aprende. Aunque siempre queda la inquietud de si podría publicar algo... fuera de la jerarquía académica asalariada, en Costa Rica, publicar en Biología es difícil, pero no imposible.

Posted on February 06, 2024 05:51 AM by mario_mg mario_mg | 0 comments | Leave a comment

October 14, 2022

Consejos para fotografiar hongos / Fungi photography tips

Para propósitos de ID de hongos, además de mostrar el lado superior del hongo, es útil (y usualmente necesario) mostrar también la superficie inferior. Usted puede posicionar la cámara por debajo del hongo, usar un espejo, o fotografiar el lado inferior de un hongo caído. Si es posible, obtener fotografias de al menos 3 ángulos: superior, lateral e inferior. Suele ser necesario tomar varias fotografias de un mismo ángulo para enfocar distintas partes (por ejemplo, en el ángulo lateral, una fotografía enfoca el borde del píleo pero no el estípite, o viceversa). Adicionalmente, fotografiar otros detalles del hongo (escamas, anillos, base del estípite, primordios/cuerpos inmaduros), tipo de sustrato donde crece el hongo (tierra, hojas, madera, etc.) y una vista general del sitio (para observar tipo de vegetación cercana, etc.).

Photographs Viewing Angles
For Mushroom/Fungi ID purposes, besides showing the upper side of the fungus, it is useful (and usually necessary) to also show its inferior surface. You can position the camera below the fungus, use a mirror, or photograph the inferior side of a fallen upside-down piece of the fungus. If possible, get photographs from at least three viewing angles: superior, lateral and inferior. It is usually necessary to take several pictures at the same angle so as to clearly focus on several parts of the fungus (for example, in side view, a photo may focus on the cap/pileus's border, but not on the stipe, and viceversa). Additionally, take pictures of some finer details of the fungus (like scales, rings, base of stipe, inmature bodies/primordia), substrate from which the fungus is growing (soil, litter, wood, etc.) and a general view of the site (to observe the kind of vegetation nearby, etc.).

Camera flash and White Balance
Using the flash may alter the original colors of the mushroom's picture, but sometimes it is needed to get enough detail, especially in shadowy places. In that case, maybe show a picture with flash, and another without flash. Better yet, to get closer to the "real colors" of the subject, set the right "white balance" in the camera settings with the help of a white object (like a plastic cap), this change is necessary with different types of light (natural or artificial, with or without tree cover, morning sun, midday or afternoon sun, etc.)

To rule or not to rule?
You can take some pictures of the fungus with a ruler nearby; maybe take a picture with the ruler, and another without the ruler. This information is usually helpful for ID purposes, and it is especially useful when the fungus is unusually small or big. A ruler is also especially helpful when measuring pores/mm in pictures of the pore surface. If a ruler is not at hand, you can also use another object of known size (or that you can measure afterwards); for example: use your thumbnail (at the base of the fingernail) as a "ruler", just be careful to place your nail next to the fungus (not closer or farther from the camera). If using something else than a ruler, remember to use Paint or another software to draw a scale in the picture showing the size in mm or cm (remember to include the measuring unit).

Special case #1: Fungus is on a leaf or branch that can be moved around without damaging the fungus, and then put back in its original place after taking the pictures. For a clearer picture, it is better if the subject is still, so I suggest placing the leaf/branch with the mushroom on the ground, and maybe use the camera flash, taking a picture from above, from the side view, and from under the cap, by moving the leaf/branch.

Posted on October 14, 2022 09:14 AM by mario_mg mario_mg | 0 comments | Leave a comment

October 13, 2022

Buscar por ID (útil para observaciones con ID's en conflicto)

Cuando una observación recibe identificaciones en conflicto (alguien dice que es "rana" y otro dice que es "sapo"), y no se ha logrado un consenso, entonces esta observación no aparece en una búsqueda básica de "rana", ni tampoco de "sapo", lo cual resulta en que estas observaciones quedan por fuera de las búsquedas simples.

En este caso, se hace necesario un criterio especial de búsqueda, el cual permita encontrar identificaciones de un taxón en particular. Este criterio busca IDENTIFICACIONES, en lugar de buscar solamente OBSERVACIONES.

El criterio es: "ident_taxon_id=xxxxxx" (reemplazar xxxxxx por el número del taxón)

Ejemplo 1:
La página del taxón de Coleus amboinicus es: https://www.inaturalist.org/taxa/963468-Coleus-amboinicus, entonces, se copia ese número y se usa en el siguiente URL: https://www.inaturalist.org/observations?ident_taxon_id=963468

Ejemplo 2:
Puede ser conveniente buscar no por especie, sino por una jerarquía superior. Por ejemplo, el número para el género Coleus es: 1069166; entonces, el URL: https://www.inaturalist.org/observations?ident_taxon_id=1069166 va a encontrar observaciones con ID's de cualquier especie de ese género, y también identificaciones que se hicieron solamente a nivel de género (sin indicar una especie).

Ejemplo 3:
Se pueden indicar varios números, separados por coma, para incluir varios taxones en la búsqueda. Por ejemplo, para incluir dos especies distintas en la misma búsqueda: 291284-Coleus-scutellarioides y 41970-Panthera-onca. El URL va a quedar así: https://www.inaturalist.org/observations?ident_taxon_id=291284,41970

Ejemplo 4:
El criterio "without_ident_taxon_id=" para excluir algunas IDs no sirve, al menos por el momento. En lugar de eso, se podrían excluir OBSERVACIONES cuyo consenso ya está establecido para ese taxón. Por ejemplo, puedo buscar IDs para 1069166-Coleus, pero excluir OBSERVACIONES de una especie en particular: 963468-Coleus-amboinicus. Entonces, el URL queda así: https://www.inaturalist.org/observations?ident_taxon_id=1069166&without_taxon_id=963468 ... el detalle con esta búsqueda es que sí puede mostrarme observaciones en las que se incluyó una ID como "963468-Coleus-amboinicus" pero que el consenso no es ese taxón; solamente excluye las observaciones cuyo consenso es "963468".

Referencia:
https://forum.inaturalist.org/t/how-to-use-inaturalists-search-urls-wiki-part-1-of-2/63

Posted on October 13, 2022 12:53 PM by mario_mg mario_mg | 0 comments | Leave a comment

October 12, 2022

Búsquedas utilizando listas personalizadas: caso de las macroalgas

Para realizar búsquedas predefinidas para ciertos grupos biológicos, muchas veces no conviene crear un proyecto solamente para buscar una cierta combinación de taxones de uso frecuente. En este caso, se pueden utilizar listas y los URL de búsqueda de iNaturalist. Con esto me refiero a las listas que cada usuario de iNaturalist puede crear: https://www.inaturalist.org/lists/"nombre de usuario"

Paso 1. Crear una lista con los taxones que se desea incluir en la búsqueda. No hace falta especificar cada especie en la lista, se pueden usar categorías más generales como "Reino" y se va a incluir todo lo que está dentro de esa jerarquía; por la misma razón, puede ser necesario especificar cuáles grupos de ese Reino desea incluir, para excluir los grupos que no desea incluir. Otro enfoque sería definir una lista de especies que represente alguna utilidad o criterio en especial.

Paso 2. Anotar el número de la lista (aparece en la barra de dirección web).

Paso 3. Utilizar el URL de búsqueda que se presenta a continuación (antes, sustituir xxxxxxx por el número de la lista) (el criterio "verifiable=any" permite incluir las observaciones grado "casual", lo cual es necesario, por ejemplo, para incluir plantas marcadas como cultivadas).

https://www.inaturalist.org/observations?verifiable=any&list_id=xxxxxxx

Por ejemplo:

Puedo utilizar esta lista (preliminar) de taxones de macroalgas: https://www.inaturalist.org/lists/4379076-Macroalgas (se copia el número que aparece en esta dirección: 4379076, y se sustituye en el URL de búsqueda):

https://www.inaturalist.org/observations?verifiable=any&list_id=4379076

La ventaja de esta metodología es que se puede modificar y refinar la lista (por ejemplo, incluir o excluir taxones), y a la vez se puede seguir utilizando exactamente el mismo número de lista y el mismo URL para realizar las búsquedas a nivel de todo el país o en el rango geográfico que desee seleccionar. La desventaja es que la lista puede cambiar cuando el creador de la lista así lo desee (por eso, es mejor usar una lista propia, o de alguien de confianza).

Recordar que se puede agregar un criterio adicional para excluir ciertos taxones de la búsqueda:
Caso 1. &without_taxon_id=xxxxxx (excluye ese taxón y todos sus descendientes) (se pueden agregar varios números separados por coma);
Caso 2. &without_direct_taxon_id=xxxxxx (excluye solamente ese taxón, e.g., una observación marcada a nivel de género; pero incluye sus descendientes, e.g., observaciones marcadas a nivel de alguna especie dentro de ese género).

Referencia:
https://forum.inaturalist.org/t/how-to-use-inaturalists-search-urls-wiki-part-1-of-2/63

Posted on October 12, 2022 03:30 PM by mario_mg mario_mg | 0 comments | Leave a comment

Hongos con rasgos inesperados (pendientes de verificar)

Xylaria hypoxylon: supuestamente es bioluminescente (emite una luz muy débil, se requiere total oscuridad y una cámara en posición fija y con exposición larga, o mejor observar el sustrato donde crece el micelio, ya que este emite más luz que el cuerpo fructífero). Referencia: https://www.first-nature.com/fungi/xylaria-hypoxylon.php

Posted on October 12, 2022 04:17 AM by mario_mg mario_mg | 0 comments | Leave a comment

May 03, 2022

Filtros especiales en iNat: búsqueda de observaciones indefinidas ("Vida"/State of matter of Life)

Números de taxón que utilizo frecuentemente:
Plantae 47126
Fungi 47170
Mycetozoa 47685

Las observaciones marcadas como "Vida/State of matter of Life" se producen cuando se dan IDs en conflicto a nivel de Reino, o cuando algún usuario explícitamente marca una observación "Desconocido/Unknown" como "Vida/State of matter of Life". Por ejemplo, se produce cuando alguien indica que el organismo es un hongo y alguien más indica que es un mixomiceto o una planta (o viceversa), o cuando alguien indica que la resina de un árbol es un hongo (o viceversa).

Estos son casos difíciles de acceder por medio del filtro convencional. Por lo que conviene utilizar las URL de búsqueda de iNaturalist.

Caso 1. En general para encontrar observaciones "State of matter of life" (Vida): https://www.inaturalist.org/observations/identify?reviewed=any&lrank=stateofmatter ...Una vez allí, se puede definir mejor el filtro para país, lugar o proyecto.

Caso 2. Búsquedas más específicas (seleccionando solamente las observaciones que contengan alguna ID específica de algún taxón). A la búsqueda del caso anterior, se le agrega lo siguiente: &ident_taxon_id=xxxxxx (cambiar xxxxxx por el número de taxón que se requiere).

Por ejemplo, para buscar observaciones "State of matter of life" que contengan una ID como Fungi, se usa este URL: https://www.inaturalist.org/observations/identify?reviewed=any&lrank=stateofmatter&ident_taxon_id=47170

Caso 3. Finalmente, algunas observaciones son "imposibles de arreglar" (se quedan como "State of matter of life/Vida"), ya sea porque está en extremo desenfocada la imagen y no se puede identificar, o porque el usuario no atiende las sugerencias o las consultas necesarias para solucionar el problema. En estos casos, es mejor marcar la observación como "Revisada" (activar la casilla "reviewed") para excluirla del resto de los resultados (vuelve a aparecer si se desactiva la casilla "Reviewed").

Referencias:
https://forum.inaturalist.org/t/ideas-for-making-it-easier-to-find-observations-with-conflicting-ids-in-identify/9064/6

Posted on May 03, 2022 07:20 AM by mario_mg mario_mg | 0 comments | Leave a comment

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